本研究队列中，其他较少见但潜在可靶向治疗的突变包括IDH1和FBXW7突变。
胰腺腺泡细胞癌（PACC）是罕见的恶性肿瘤，没有标准治疗方案。PACC表现出显著的肿瘤间分子异质性，涉及多条通路，提示靶向治疗方案。本研究汇总了PACC数据，分析了分子特征和患者特异性治疗靶点，是这方面最大的研究之一。PACC样本（n = 51）进行了DNA [靶向panel（n = 29）或全外显子组（n = 22）]和RNA（全转录组，n = 29）NGS检测。同胰腺导管腺癌（PDAC，n=4205）的分子特征作比较。同时，回顾了在亨斯迈癌症研究所（HCI）接受治疗的PACC患者。分析了线例PACC患者样本数据，发现PACC和PDAC存在关键分子差异，突出了PACC的独特特征。与PDAC相比，PACC的主要差异包括MAPK信号通路下调和基质细胞丰度较低。PACC中基因组杂合性缺失与BRCA1、BRCA2和PALB2突变有较强的相关性。在HCI接受治疗的7例患者中，1例患者携带BRAF V600E突变，该患者接受康奈非尼+比美替尼联合治疗，已实现超过3年的完全缓解。本研究表明，PACC与PDAC存在重要差异，包括MAPK信号通路下调，基质细胞丰度较低。此外，PACC基因检测揭示较多患者携带可靶向治疗变异，可以指导治疗。
胰腺腺泡细胞癌（PACC）较为罕见，起源于胰腺外分泌部，占所有胰腺肿瘤的不到2%。PACC发病年龄通常较小，多见于男性。PACC是一组异质性疾病，基于不同的形态学特征和免疫组化，具有腺泡分化的特征。PACC的组织学特征多样，包括腺泡结构，以及含有呈片状排列的低分化肿瘤细胞的实性成分，这些肿瘤细胞胞质丰富，含有过碘酸-希夫（PAS）阳性，淀粉酶消化PAS（dPAS）阴性颗粒。腺泡细胞可通过针对胰蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、羧基酯脂肪酶（CEL）和BCL10的抗体来鉴定。其中，胰蛋白酶和BCL10表达的灵敏度最高。通过免疫组化，已发现多种区分特征，腺泡、导管和神经内分泌分化的所有混合组合均已得到描述。混合性PACC是腺泡分化伴有30%的神经内分泌或导管腺癌成分的癌。与胰腺导管腺癌 （PDAC）相比，PACC与较好的临床结局相关，特别是适合手术切除的患者。然而，目前尚无针对不可切除和转移性PACC的特定治疗方案，尤其是纯腺泡细胞癌。在没有随机试验高水平证据的情况下，PACC患者接受细胞毒性化疗，与PDAC类似。由于缺乏相关临床试验，近年来，有研究探索了可以解释PACC生物学并可能作为治疗靶点的分子特征。
几项研究显示，PACC的分子异质性可能会引起其独特特征。两项研究中，胰腺腺泡细胞癌样本全外显子组测序揭示了分子多样性，尽管样本量较小。一项研究纳入了18例纯PACC，虽然多个基因发生体细胞突变，但没有基因突变频率30%。一些肿瘤携带可见于胰腺导管腺癌的突变，例如KRAS，SMAD4和TP53。相比之下，一些肿瘤携带的突变在PDAC中较少见，例如BRAF，RB1，JAK1，APC以及DNA同源重组修复相关基因，如BRCA2和ARID1A。1/18例纯PACC和2/3例混合性腺泡-导管癌携带BRAF突变。另一项研究对7例纯PACC进行全外显子组和靶向测序，3例样本全外显子组测序未发现BRAF突变，3/7例存在BRCA2功能缺失突变。最后，一项研究分析了44 例PACC（包括17例纯PACC）的全面基因组测序结果，2/17例纯PACC存在BRAF或RAF1重排。对这些融合的进一步分析显示MAPK通路组成性激活，程度与BRAF V600E引起的相似。NTRK/ALK/ROS1致癌融合在PACC中较少见。导致下游基因转录和调节多种细胞机制的MAPK通路在PACC中的作用至关重要，因为或许能够正常的使用RAS，MEK或RAF抑制剂治疗。导致该通路过度激活的突变或其他基因变异或可进行靶向治疗。
本研究分析了51份PACC样本（大多为纯PACC）的DNA（靶向panel或全外显子组）和RNA（全转录组）NGS检测结果，并同PDAC进行了比较。
在临床队列中发现7例PACC患者。6例被诊断为纯PACC，1例为混合性腺泡-神经内分泌肿瘤。诊断基于组织学形态和免疫组化。临床队列中4份样本被纳入PACC分子队列，在7例患者中，3例患者有完整的治疗数据。在分子队列中，比较了PACC患者（n=51）和PDAC患者（n=4205）的FFPE样本（表1）。
回顾了4份样本的病理切片，以确认诊断。除1份样本外，其他所有样本均为纯PACC。对于分子队列中的其余样本，回顾了可及的病理报告（n = 45）。所有均报告为腺泡细胞癌，37份样本有免疫组化结果。两个队列有41份样本有免疫组化数据。15份样本报告了PAS或dPAS阳性，28份样本报告了胰蛋白酶或胰凝乳蛋白酶表达。17份样本CD56呈阴性，33份样本突触素或嗜铬粒蛋白呈阴性。总之，在分子队列包含的51份样本中，只有1份为混合性腺泡-神经内分泌肿瘤，其余为腺泡细胞癌。
在进行DNA NGS检测的51份PACC样本中，29份进行592基因panel测序，22份进行全外显子组测序，其中29份样本还进行全转录组测序分析了RNA表达和融合。
表2. CARIS数据库中PACC与PDAC中假定可靶向治疗基因变异的比较
关于MAPK通路，本研究之后发现2例（3.8%）纯PACC携带BRAF突变（均为V600E），10%的纯PACC携带NF1功能缺失突变（图1）。纯PACC中其他可靶向治疗或潜在可靶向治疗的基因变异包括IDH1致病突变（3.8%）和FBXW7功能缺失突变（3.8%）。
在本研究PACC队列中，仅1份样本存在错配修复缺陷（dMMR），该样本同时肿瘤突变负荷（TMB）≥10mut/Mb，PD-L1表达（IHCSP142）（图1）。dMMR和TMB-H在PACC和PDAC队列中的发生率相似，均5%。相比之下，PDAC队列中15%的患者PD-L1表达（IHC染色强度≥2+和≥5%肿瘤细胞染色），高于PACC队列的8%，尽管没有统计学意义。
对PACC和PDAC中癌症生物学过程相关MAPK通路激活和转录特征进行了比较（图2）。PDAC中MAPK通路激活明显高于纯PACC（图2A）。PACC具有非常明显较低的粒细胞样骨髓源性抑制细胞（gMDSC），单核细胞样骨髓源性抑制细胞（mMDSC），缺氧，基质/ EMT / TGFβ和糖酵解特征（图2B）。使用RNAseq反卷积来估计细胞丰度，发现纯PACC和PDAC在肿瘤免疫微环境方面存在关键差异，前者肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）显著较少，特别是成纤维细胞，B细胞，单核细胞，中性粒细胞，T细胞，髓样树突状细胞，CD8+ T细胞和细胞毒性淋巴细胞（p0.001，图2B）。由于与PDAC样本相比，进行RNAseq的PACC样本数量有限，因此应谨慎解释这些结果。
癌症中MAPK通路活化是受体酪氨酸激酶和RAS/RAF家族成员激活突变或扩增的结果，针对该通路关键成分开发了多种抑制剂。为了探索纯PACC中分子变异对MAPK的影响，计算了MAPK通路活性评分（MPAS）（图2和3）。
转移性和局限性PACC的MPAS评分相似，＞中位MPAS和＜中位MPAS的PACC患者中，转移性患者分别占75%和65%。未发现有分子变异对MPAS评分有显著影响。纯PACC中有vs无BRCA2突变（＞中位MPAS和＜中位MPAS的患者中，突变阳性患者分别占33%和7%）和NF1突变（＞中位MPAS和＜中位MPAS的患者中，突变阳性患者分别占18%和9%）的患者差异最大。PACC队列中2个KRAS突变样本未进行全转录组测序。
识别了2005年至2019年在亨斯迈癌症研究所就诊的7例PACC患者。6例被诊断为纯PACC，1例为混合性腺泡-神经内分泌肿瘤。5例为男性，1/7例患者初诊为转移性疾病。3例患者（均为纯PACC）有完整的电子病历治疗数据。所有患者均在病程的某个阶段接受全身细胞毒性化疗，1例患者接受靶向治疗，疗效优异且持久（图4）。
第一例患者是一名58岁的男性，被诊断患有同时性转移性疾病。首先接受细胞毒性化疗，前2线个周期后疾病进展。然后，接受索拉非尼治疗，部分缓解持续7个月，随后进行放疗治疗原发性胰腺肿块。诊断后18个月死于疾病。
第二例患者是一名66岁的男性，最初被诊断为局限性纯PACC。接受了新辅助放疗同步氟尿嘧啶，随后行切除术。最终病理未见治疗反应。初诊后4年，发现转移，最初接受了5个月的吉西他滨治疗，疾病进展。随后，参加了两项I期试验，首先使用血管生成抑制剂，2个周期后进展，然后接受6个月的泛去乙酰化酶抑制剂治疗。诊断为转移性疾病后19个月死亡。
第三例患者也是男性，在62岁时被诊断为局限性纯PACC。接受了切除术，随后进行了6个月的吉西他滨和卡培他滨辅助治疗。切除术后15个月，发现切除床内复发。然后接受了3个月的FOLFIRINOX治疗，活检证实肝转移。当时肿瘤基因检测显示BRAF V600E突变，开始康奈非尼/比美替尼治疗。第一次影像学评估显示部分缓解，随后治疗12个月时完全缓解。治疗已持续36个月，影像学未见疾病迹象（图5）。此外开始靶向治疗后30个月，cfDNA未检出BRAF V600E突变。
纯PACC较为罕见，相关研究较少，本研究集中分析了纯PACC，据我们所知，是这方面最大的研究。本研究对PACC进行了全面的分子特征分析，并同更常见的PDAC进行了比较，增加了我们对该疾病的了解。本研究中PACC进行了全面测序，29个样本做了592基因panel测序，22个样本做了全外显子组测序，29个样本做了全转录组测序。此外，描述了一例BRAF V600E突变的纯PACC患者靶向治疗获益显著。本研究之后发现，PACC对细胞毒性药物的敏感性不同，支持探索新的PACC治疗方案。
本研究数据表明，纯PACC的分子特征与PDAC不同。KRAS和TP53突变在PDAC中较常见，在纯PACC中较少见。纯PACC具有分子异质性，总体人群中，存在可靶向治疗或潜在可靶向治疗变异的患者占35%（18/51例患者），高于PDAC的不到5%。
核心HR（同源重组）基因BRCA1、BRCA2和PALB2胚系功能缺失突变导致错误的DNA损伤反应，是铂类和PARPi（聚ADP核糖聚合酶抑制剂）治疗的生物标志物。基于POLO研究结果，PARPi奥拉帕利获批用于胚系BRCA突变的转移性PDAC患者的维持治疗。该研究显示，奥拉帕利组的无进展生存期（PFS）优于安慰剂组，分别为7.4个月和3.8个月（风险比：0.53，95% CI：0.35-0.82，p = 0.004）。
据报道，PDAC中胚系BRCA突变的发生率为4-7%，与本研究PDAC队列中体细胞BRCA突变的发生率一致。本研究中，纯PACC的BRCA突变发生率为19%，并且在所有可评估样本中与gLOH相关，提示HR机制缺陷，可能获益于PARPi或铂类化疗。
其他需要我们来关注的通路有MAPK信号级联，激活率较高。总体而言，PDAC显示出更高的MAPK激活评分，这可能是由于KRAS突变发生率较高。本研究中，只有3.8%的纯PACC存在BRAF突变，低于其他PACC研究报告的BRAF突变和融合发生率，突出了这组癌症的异质性，以及混合性亚型较常见。本研究中一例患者接受了康奈非尼（RAFi）加比美替尼（MEKi）治疗，达到影像学完全缓解，治疗已持续36个月，获益持久。此外，临床队列中一例患者经索拉非尼治疗获得7个月的部分缓解。2022年7月，FDA批准达拉非尼/曲美替尼用来医治携带BRAF V600E突变的肿瘤患者，依据的是2期ROAR20和 NCI-MATCH（子方案H）临床试验显示该联合疗法ORR和OS较优。鉴于有文献表明，BRAF融合导致的MAPK通路激活与BRAF V600E突变相似，在无另外的可靶向治疗变异和缺乏标准治疗的情况下，考虑RAF/MEK抑制剂是合理的。
神经纤维蛋白1（NF1）是一个抑癌基因，编码RAS GTP酶激活蛋白，其功能缺失突变导致RAS信号通路失调。在本研究队列中，10%的纯PACC携带NF1突变。SHP2是一种非受体蛋白酪氨酸磷酸酶，在多个受体酪氨酸激酶下游的生长因子信号通路中发挥作用。NF1功能缺失突变肿瘤的细胞生长依赖于SHP2介导的上游信号通路，因此SPH2抑制剂是一种着迷的策略。几项处于不同阶段的临床试验正在评估SHP2抑制剂单药或联合其他靶向药物（如MEK和CDK4/6抑制剂或检查点抑制剂），并可能考虑用于NF1突变的纯PACC。
本研究队列中，其他较少见但潜在可靶向治疗的突变包括IDH1和FBXW7突变。IDH1突变，特别是R132突变，导致2-羟基戊二酸产生增强，促进肿瘤发生。艾伏尼布是口服IDH1抑制剂，获批准用来医治IDH1突变的急性髓系白血病和转移性胆道癌。FBXW7是肿瘤抑制因子，是泛素蛋白酶体系统中F-box蛋白家族的一员。FBXW7靶向阳性细胞周期调节因子，如细胞周期蛋白E和c-MYC，介导泛素化，其缺陷导致c-MYC增加，细胞周期蛋白E异常积累，肿瘤对检查点（如PKMYT125）的依赖性增加。在临床前模型中，由于细胞周期蛋白E驱动FBXW7突变肿瘤的基因组不稳定性，PKMYT1抑制剂使细胞容易受到DNA损伤的影响，导致合成致死和肿瘤消退。PKMYT1抑制剂已进入临床试验，可考虑用来医治FBXW7功能缺失突变的PACC。
总之，纯PACC较为罕见，对化疗敏感性较低，转移性患者生存期较短。尽管临床医生倾向于纯PACC遵循PDAC治疗范式，但PACC不同于PDAC，应采用不一样的治疗方案。PACC基因检测显示多达35%的患者（本研究队列中18/51例患者）存在可靶向治疗变异，对病人治疗有直接影响，因此诊断时应常规进行基因检测。
